Hayvan ve balık çiftliklerinin ekolojik felaketlere dönüşmesinin nedenlerinden birisi, hayvanların doğal şekilde var olduğu ortamları taklit etmekten vazgeçmeleri. Bundan onlarca yıl önce, üretim patlaması henüz yaşanmamışken, çiftlik hayvanları sembiyotik bir rol oynuyordu; üretim öncesi ya da sonrasında ekili alanlarda otluyor, toprağa doğal gübre sağlıyorlardı. Pek çok çiftlikteki balık havuzları da benzer bir işlev üstlenerek, tarımsal atıklarla besleniyor, toprağın zenginleşmesine yardımcı oluyorlardı. Fakat çiftçiler hayvan ve balık üretimini araziler yerine kapalı mekanlarda yapmaya başlayınca, kullanılması gereken malzeme sayısı arttı ve gübreler yığıldı.
Filipinler’den Iowa’ya kadar pek çok yerde bazı çiftçiler daha geleneksel çiftlik hayvanı üretimi yöntemlerine dönüyorlar. Sözgelimi Manila’nın dışındaki bölgelerde yenilikçi çiftçiler, yüzlerce yıldır uygulanan büyükbaş hayvanları ve balıkları bir arada yetiştirme modelinden dersler çıkardılar. Bu çiftçiler domuz, tavuk ve tilapi yetiştirip pirinç ekerek, kendi kendisini besleyen bir sistem yarattılar: Domuz ve tavukların yarattığı doğal gübre sayesinde göldeki algler gelişerek hem tilapiyi hem de pirinci büyütüyor. Iowa’nın orta bölgesindeki domuz üreticileri de, “geleneksel” beton barakaları yeniden şekillendirerek domuzların açık alanda yetişmesini, derin yataklarda yatmalarını ve dışarıya çıkabilmelerini sağlıyorlar; böylece Berkshire ve Tamworth gibi cins domuzlar yetiştirebiliyorlar. Bu domuzlar açık havada yaşamaya alışkın; serbest dolaşabildikleri için etleri de fabrika tarzı üretilmiş domuzlara oranla daha lezzetli ve sağlıklı oluyor.
Bu çiftlikler çok az atık yaratıyor, pek çok farklı besin üretiyor, et ya da balık fiyatlarında dalgalanma olsa bile çiftçilere hem gıda güvenliği hem de ekonomik güvence sunuyor. Çiftlikler ayrıca veterinerlik masraflarından da tasarruf ediyor: Açık havada yetişen hayvanlar solunum yolu hastalıklarına ve fabrika tipi çiftliklerde yaygın görülen diğer hastalıklara nadiren yakalanıyor. Üstelik doğal şekilde beslenen hayvanların sayısı fabrika tipi çiftliklerdekilerden daha az olduğu için, çiftçiler hasta ya da sakat hayvanları bulup tedavi etmekte ve kuş gribi gibi potansiyel salgın hastalıkları önlemekte daha hızlı davranabiliyorlar.
Elbette ki et ve balık üretimi için daha geleneksel yöntemleri kullanmak her yönüyle pratik bir uygulama değil. Eskiden çiftçilik yapan birçok kişi kırsal alanlardan taşındı; çiftlikler artık eskisinden daha büyük ve yoğun; bütün bunlar daha entegre bir üretim tarzına dönmeyi zorlaştırıyor. Fakat dünyanın her yerindeki et ve deniz mahsulü üreticileri eski uygulamalar ile modern ekolojiden alınan bazı dersleri bir araya getirerek, bir yandan aynı miktarda besin üretirken, diğer yandan da çiftliklerin yol açtığı zararı büyük ölçüde azaltıyorlar.
Örneğin, yıllar boyunca domuz sektöründe, gestasyon kasalarının (domuzların fazla hareket etmesine, dönmesine ya da diğer doğal hareketlerini yapmasına izin vermeyen beton ağıllar), domuz ürünlerine yönelik talebi karşılamak için en ekonomik yol olduğu öne sürüldü. Fakat Iowa State Üniversitesi tarafından kısa süre önce yapılan ve dişi domuzları gestasyon kasalarında yetiştirmenin ve alternatif yöntemlerle yetiştirmenin maliyetlerini karşılaştıran bir araştırma tam tersi bir sonucu ortaya çıkardı. Araştırmacılar, domuzları fabrika tipi kalabalık çiftliklerde yetiştirmek yerine, gruplar halinde çember şeklinde binalarda (hayvanların samanlar arasında yaşamasını ve özgürce dolaşmasını sağlayan ağıllar) yetiştirdiler. İki yıl süren araştırma, çember şeklindeki tesislerde yaşayan dişi domuzların, kapalı tesislerdekilere oranla daha fazla canlı yavru dünyaya getirdiğini gösterdi. Araştırmacılar ayrıca, gruplar halinde besleme yönteminin, üretim maliyetlerini gestasyon kasalarına oranla yüzde 11 azalttığını ortaya çıkardı. Domuzlar son derece sosyal canlılar olmanın yanı sıra, bir arada yaşamalarına izin verildiği takdirde, kendi sıcaklıklarını da kontrol altında tutabiliyorlar; dolayısıyla, araştırmacılar bu uygulamayla hayvanların sağlık ve performansının da arttığını öne sürdüler.
Bu tür yönetim-ağırlıklı çiftçilik daha fazla iş imkanı da yaratacaktır. Tarım iktisatçısı William Weida’ya göre, fabrika tipi çiftliklerin kazançlı olduğunun iddia edilmesinin nedenlerinden birisi, hayvanların bakımı için daha az sayıda görevliye ihtiyaç duyulması. Fakat yakın zamanda ortaya çıkarılan kanıtlar, hayvanların iyi bakıldığında daha iyi performans gösterdiklerine işaret ediyor.
Örneğin dünyanın en büyük domuz eti üreticisi Smithfield, Meksika’daki domuz çiftliklerinden birisinde hayvanların bakımı için daha fazla kişi istihdam edildiğinde verimliliğin arttığını gördü. Bu uygulamalar, daha iyi koşullarda, otlaklarda yetiştirilen hayvanlardan çevresel açıdan sürdürülebilir ürünler elde etmeye yönelik büyük bir hareketin birer parçası.
Daha doğal ortamlarda (ve daha az sayıda) sığır, inek, domuz ve tavuk yetiştirmenin, günümüzde en fazla baskı yaratan çevre sorunu, yani iklim değişikliği açısından da faydalı. Wales Üniversitesi’nde görevli araştırmacılar, sığırların beslenme biçimlerine farklı türde (geviş getiren hayvanların yiyebileceği) otlar eklemenin, ineklerin gaz çıkarmasıyla yayılan metan emisyonlarını azaltıp azaltmayacağını inceliyor. Fabrika tipi çiftliklerdeki büyükbaş hayvanlara verilen besinler, bir yandan hayvanların hızlı kilo almalarını sağlarken, diğer yandan da pek çok sindirim sorununa yol açıyor. Bilim insanları, daha iyi sindirilen yemlerin bu sorunları ve böylece metan emisyonlarını da azaltacağına inanıyor. İngiltere’deki otlak ve çayırlarda yaygın biçimde görülen bazı doğal otların (beyaz yonca, çavdar ve kuş ayağı yoncası gibi) çok iyi sindirilebilmesi hiç şaşırtıcı değil. 2003’te İsveç’te yapılan bir araştırma da, doğal otlarla beslenen sığırların, tahılla beslenenlere oranla yüzde 40 daha az sera gazı yaydığını ve yüzde 85 daha az enerji tükettiğini ortaya çıkardı.